חברת הגיחון מבצעת בדיקות כימיות ומיקרוביולוגיות - בדיקות יומיות, חודשיות ומעת לעת - באמצעות מעבדה מוסמכת המופעלת על ידי החברה, וזאת על מנת להבטיח איכות מים מעולה לתושבי העיר.

לשם ביצוע הבדיקות בפועל, מדי יום מובאות דגימות של מים למעבדה מנקודות דגימה שונות המפוזרות על פני מערכת המים של העיר. צוות המעבדה מבצע בדיקות של רמת הכלור, רמת העכירות, הכלורידים, קשיות המים, הפלואוריד, התגובה, קוליפורמים, קוליפורמים צואתיים וספירה כללית של מיקרו-אורגניזמים טרופיים. שיטות הבדיקה הן בהתאם לתקנות מי השתייה ולדרישות משרד הבריאות.

כדי להיות בטוחים שאיכות המים היא מעל ומעבר, מעבדת הגיחון מבצעת מספר גדול יותר מהנדרש של בדיקות, וזאת על מנת להבטיח איכות בלתי מתפשרת של מים המסופקים על ידי החברה לתושבי העיר.

המעבדה של חברת הגיחון קיבלה תעודת הסמכה (מספר 034-2) מטעם הרשות הלאומית להסמכת מעבדות. רשימת האינדיקציות כוללת: דגימה, כלור, עכירות, כלורידים, קשיות, פלואוריד, תגובה, קוליפורמים, קוליפורמים צואתיים וספירה כללית של מיקרו-אורגניזמים טרופיים. התעודה מעידה על הכשירות המקצועית של המעבדה ועל ההכרה הבינלאומית בה בהתאם לתקנות .ISO 17025 הבדיקות במעבדה כוללות בדיקות של דגימות מים מהצינורות (חיבורי מקורות המים), בריכות אגירה ורשת הצינורות העירונית. בדיקות המעבדה מבוצעות בהתאם לדרישות תקנות בריאות הציבור, איכות התברואה של מי השתייה, 1973-4 (נוסח משולב - 2000). הרשות הלאומית להסמכת מעבדות ומשרד הבריאות מפקחים על תפקוד מעבדת הגיחון, על מנת לוודא שהיא שומרת על רמה גבוהה של בדיקות, ובהתאם לתקן.